La struttura della CRUI è rappresentata da:

ASSEMBLEA GENERALE (AG)
L'AG è formata da tutti i componenti della CRUI, Rettori delle università e degli istituti universitari italiani.
Si riunisce una volta al mese e delibera a maggioranza assoluta dei presenti

GIUNTA
La Giunta è composta dal Presidente, dai due Vice-presidenti, dal Segretario Generale e da altri sette Rettori eletti dall' Assemblea Generale. Resta in carica tre anni e i singoli Rettori possono essere rieletti per non più di due mandati consecutivi. Ogni componente della Giunta è responsabile di una delle attività di studio e ricerca che la CRUI svolge per orientare le proprie scelte e per definire modelli operativi per le università.

PRESIDENTE
Il Presidente è il rappresentante legale della CRUI, viene eletto ogni tre anni dall'Assemblea Generale e non può assumere la carica per più di due mandati consecutivi. Inoltre il Presidente convoca e presiede l'Assemblea Generale e la Giunta, predispone gli ordini del giorno e i lavori preparatori, fornisce elementi per le scelte da operare, organizza e prepara le riunioni della CRUI, fa eseguire le deliberazioni. Il Presidente ha inoltre compiti di ricerca, studio e programmazione, attività in cui è affiancato da commissioni tematiche ad hoc.

VICE-PRESIDENTI
I Vice-Presidenti sono eletti dalla Giunta tra i componenti dello stesso. Svolgono, anche disgiuntamente e con precedenza al più anziano di nomina a rettore, le mansioni del Presidente su sua delega o per suo impedimento o assenza.

SEGRETARIO GENERALE
Nominato dal Presidente tra i membri della Giunta, il Segretario Generale indica al Direttore le linee guida per il funzionamento delo staff. Cura, inoltre, il patrimonio della CRUI, vigila sulla tenuta dei registri e dei documenti contabili e cura la preparazione del bilancio annuale sia preventivo che consuntivo (entrambi presentati per l'approvazione all'Assemblea Generale, accompagnati da una relazione della Giunta).

DIRETTORE
Il Direttore è nominato dal presidente e sovraintende alla direzione operativa dello staff della CRUI, alla gestione delle risorse umane, alla gestione dei rapporti istituzionali

Statuto della Conferenza dei Rettori delle Università italiane

Per svolgere nel migliore dei modi la propria attività, la CRUI può contare su un'organizzazione articolata ed efficiente strutturata in organi politici e di indirizzo e organi operativi. L'attività di indirizzo politico è realizzata sulla base di Commissioni guidate dalla Giunta sui principali temi legati all'evoluzione del sistema universitario.

Negli ultimi anni parte dell’attività istituzionale e progettuale della CRUI si è concentrata su:
• promozione e monitoraggio del trasferimento tecnologico;
• facilitazione e incentivazione delle relazioni internazionali;
• sviluppo delle relazioni fra le università e il mondo del lavoro;
• sostegno alla cultura della valutazione della qualità e sperimentazione di modelli innovativi.

Dal 2007 la CRUI è l'associazione delle Università italiane statali e non statali riconosciute. Nata nel 1963 come associazione privata dei Rettori, ha acquisito nel tempo un riconosciuto ruolo istituzionale e di rappresentanza e la capacità di influire sullo sviluppo del sistema universitario attraverso un'intensa attività di studio e di sperimentazione.

Dal 2001 la Conferenza dei Rettori è affiancata dalla Fondazione CRUI, incaricata di sviluppare azioni di interfaccia fra sistema universitario e società nell’ottica dello sviluppo culturale ed economico del Paese

I Presidenti della CRUI dal 1963